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一、营业税
根据《营业税暂行条例》第八条第（三）款规定，医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务项目免征营业税。第十七条规定，本条例自2009年1月1日起施行。
《财政部、国家税务总局关于公布若干废止和失效的营业税规范性文件的通知》（财税[2009]61号）已将《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）关于营业税的规定予以废止。
因此，自2009年1月1日起，所有的医院、诊所和其他医疗机构（包括营利性、非营利性的公立、民营、个体以及部队医疗机构）提供的医疗服务均免征营业税。
二、增值税
1.根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）第二条第（一）项规定， 对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对其自产自用的制剂免征增值税。3年免税期满后恢复征税。
2. 根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）第二条第（二）项规定，对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
三、房产税、土地使用税、车船税
1.根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）第二条第（一）项规定， 对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。3年免税期满后恢复征税。
2. 根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）第二条第（二）项规定，对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
四、所得税
根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）第二条第（一）项规定，对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。
属于个体工商户、个人独资企业、个人合伙企业性质的整形美容医疗机构，应根据个人所得税相关税收政策规定征收个人所得税。属于法人企业性质的整形美容医疗机构，应根据企业所得税相关税收政策规定征收企业所得税。
五、混合销售行为
《营业税暂行条例实施细则》（2008年财政部 国家税务总局第52号令）第六条 一项销售行为如果既涉及应税劳务又涉及货物，为混合销售行为。除本细则第七条的规定外，从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户的混合销售行为，视为销售货物，不缴纳营业税；其他单位和个人的混合销售行为，视为提供应税劳务，缴纳营业税。
依据上述规定，美容整形医疗机构在手术期间对顾客使用的化妆品护肤品或在手术完成后对顾客销售的后期化妆品护肤品在税收上应征收营业税，其属于营业税混合销售行为。
六、兼营业务行为
《营业税暂行条例实施细则》（2008年财政部 国家税务总局第52号令）第八条纳税人兼营应税行为和货物或者非应税劳务的，应当分别核算应税行为的营业额和货物或者非应税劳务的销售额，其应税行为营业额缴纳营业税，货物或者非应税劳务销售额不缴纳营业税；未分别核算的，由主管税务机关核定其应税行为营业额。
依据上述规定，美容整形医疗机构在不提供手术的情况下对顾客销售化妆品是属于兼营业务，单独销售的化妆品不缴纳营业税，而应缴纳增值税。
医疗美容手术收入不免税
医疗美容手术收入不免税时下，一些医疗机构（包括营利性和非营利性）为拓展业务内容，相继开办了美容（整容）科室，在满足人们审美需求的同时还可以增加医院的经济效益，并享受着医疗服务收入免税的优惠。实际上，这些美容性手术及其相关服务并不属于免税的医疗服务范围。
医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复的服务。由于医疗美容手术可以分为功能性和美容性两类，医疗机构（包括营利性和非营利性）开展的功能性美容手术（主要包括上睑下垂、眼睑外翻、疤痕挛缩、耳鼻缺损畸形、唇裂、面裂、面瘫、多指并指等等），属于医疗劳务，其收入免缴营业税。但对医院（诊所、其他医疗机构）开展的美容性手术和其他美容服务（包括基础护理、保养护理、治疗护理等不同形式的服务）则不免税。《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）规定：
对营利性及非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。所以美容手术（整容手术）业务不属于医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务的免税范围。
因此，医疗机构从事“医疗美容”业务，无论以何种形式收取费用，均应按“服务业———其他服务”税目全额缴纳营业税。同时医疗机构应对其取得医疗美容服务收入与其他非医疗服务收入或免税的医疗服务收入分别核算。
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